协助局领导组织综合调研和对外的协调；制定并组织贯彻执行局机关各项工作制度；负责全市卫生事业有关重要文件的起草，综合提出贯彻全国、全省和龙岩市卫生工作方针政策和提出本市卫生政策；负责会议组织、文电处理、机要保密、行政事务、档案管理、信访、财产的管理和本局安全保卫等工作；负责卫生信息编印和组织协调开展卫生改革与发展等新闻报道宣传工作；负责本局财务管理工作和直属的卫生事业单位财政经费核算核拨。

负责局机关及全市卫生单位的机构编制、人事劳动、工资福利、人才交流、干部培训、离退休人员服务和管理工作；负责全市卫生专业技术人员中、初级职称的考试、资格认定及高级职称的审核上报工作；负责局干部管理权限内的干部考核任免和后备干部队伍建设及干部调配、大中专毕业生聘用有关工作；组织开展全市医疗卫生单位精神文明建设和监察统战工作；负责本市卫生系统人员出国、出境审核管理和本局的工青妇及计划生育等工作。

研究指导全市医疗机构(包括中医、中西医结合、民族医疗机构)改革；制定全市医疗机构发展规划并组织实施；依法监督管理医疗机构和医疗卫生机构等级评审；制定医务人员的服务规范、执业标准；监督医疗机构的医疗质量和服务质量，负责全市执业医师考试报名资格审核上报和医师、护士执业注册工作；依法监督管理医疗机构使用麻醉药品、一类精神药品购用印鉴卡及麻醉药品和精神药品的管理工作；依法监督管理采供血及临床用血质量；受理医疗事故的鉴定申请和处理；研究制定本市重点医学科技发展规划；协调和指导本市科研攻关和科技成果的普及应用；推进中医药的继承与创新；规划指导中医药人才的培训和乡镇卫生院在职人员的培训；指导和管理继续医学教育工作。

制定本市传染病、地方病、慢性非传染病及公共卫生相关疾病的防治规划并监督实施；负责预防接种监督管理工作；组织对重大传染病、地方病的综合防治工作；组织协调全市卫生技术力量，对重大突发疫情、病情实施紧急处置，防止和控制疫情、疾病的发生和蔓延；负责卫生行政复议；依法监督全市公共卫生、职业卫生、食品卫生、学校卫生、放射卫生及化妆品等；负责卫生行业安全生产监督。

研究拟定全市农村卫生、社区卫生服务的发展规划和服务标准，并实施监督管理；制订妇幼卫生和提高出生人口素质工作的发展规划、政策措施和技术标准，指导并监督全市初级卫生保健条例和母婴保健专项技术的实施，会同有关部门制订计划生育卫生标准；负责妇幼保健技术服务质量监督和管理；研究城乡卫生服务体系的改革统筹协调和健康教育工作。